奈克赛斯和黑暗梅菲斯特两人展开过多次死斗,但因为实力不相上下,始终没有结果。
黑暗梅菲斯特召唤被姬矢准消灭的第一头异生兽——“地狱三头犬”伽鲁贝洛斯。姬矢准悲伤的回忆和恐惧竟再次被唤起,被压制而陷入苦战,最终在夜袭队的援助下险胜。
虽然战胜了地狱三头犬,但因为经过多番战斗,姬矢准的身体已破损不堪,在击败格鲁格来姆后又被TLT捉拿进行实验,身体情况更是雪上加霜。
此时黑暗梅菲斯特派出异生兽库土拉引诱奈克赛斯到终焉之地决战。被奈克赛斯多次救回的夜袭队也终于对奈克赛斯认同,更利用铬金切斯特战机的终极射线唤醒晕倒的奈克赛斯。
奈克赛斯与黑暗梅菲斯特终在火光中双双消失。在光芒之中孤门见到姬矢准,他便预言光会被某人继承,当异生兽再度出现的时候,新的奥特曼出现了。
姬矢准消失后,异生兽依然继续出现,这时一个蓝色的奈克赛斯站立于众人眼前。
战斗过后,孤门在附近一带搜查时,发现一个可疑的少年,于是便跟踪他。从伤势上,孤门可以肯定这少年便是适能者。
孤门道明来意后,与少年千树怜成为了好友,并承诺会保守秘密。
TLT亦对千树怜起了疑心,派出MP的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败,还与怜成为了朋友,甚至开始爱上了他。
在孤门和瑞生追查下,发现怜与一个名为“普罗米修斯之子计划”有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划,怜是从美国逃出来的。
在终焉之地之战后失踪的沟吕木真也再次出现,但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴。后来沟吕木被TLT捉住,在囚室间他恢复了记忆,更得知自己只是黑幕的傀儡,沟吕木决定在死前与那女孩再见面,于是胁持瑞生离开。
在同一时间,未知之手将黑暗梅菲斯特的力量与MP的三泽广之融合,诞生了黑暗梅菲斯特第二代,向众人袭来。
孤门和西条在追捕沟吕木真也时,三泽突然变身成黑暗梅菲斯特第二代攻击众人,幸好怜及时变身成奈克赛斯阻止了黑暗梅菲斯特二代,不过却陷入苦战。恢复人性的沟吕木利用自己的意志和光再次变身成梅菲斯特,沟吕木舍命把黑暗梅菲斯特二代抓住,奈克赛斯只好无奈把两人一同消灭,沟吕木最终死在了西条的怀里。
作为“普罗米修斯之子计划”的失败作,怜的身体日渐衰弱,但这次的异生兽却有展开领域的能力,使奈克赛斯不能展开“美塔领域”,也阻碍黑暗领域的展开。
怜迫于无奈在真实世界作战。打退梅嘎福拉什后因千树怜体力不支加上被TAT捉拿进行实验,在千树怜
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